琼崖四二二事变发生前后，琼崖共产党组织和党团员根据上级指示果断撤到农村，坚持斗争。中共广东区委为了加强琼崖党组织的领导，1927年6月上旬，派共青团广东区委书记杨善集以中共广东区委特派员身份回琼指导工作。同月，中共琼崖地委在乐会县第四区宝墩村召开紧急会议。杨善集传达中共广东区委关于“组织武装，恢复农村工作，以革命的红色恐怖镇压反革命的白色恐怖”的指示精神。根据中共中央的指示，会议将中共琼崖地方委员会改为中共琼崖特别委员会（简称中共琼崖特委）。选举杨善集、王文明、冯平、许侠夫、陈垂斌、罗文淹、何毅、黄昌炜、陈永芹、周逸、杨树兴等为委员，杨善集、王文明、陈垂斌为常委，并成立了军事委员会和肃反委员会；杨善集任特委书记兼军事委员会主席，王文明任肃反委员会主席，罗文淹任组织部长，许侠夫任宣传部长，冯平任军事部长，黄昌炜任青年部长，何毅任农委主任。同年9月23日，特委书记在椰子寨战斗中牺牲。11月上旬，特委在乐会县第四区召开***次扩大会议，调整充实特委领导班子，王文明为书记，王文明、陈垂斌、罗文淹为常委。1928年2月，召开中共琼崖第二次代表大会，选举李源为特委书记，李源、黄雍、王文明、郭经绪、王绰余为常委。同年6月5日，召开中共琼崖第三次代表大会，选举王文明为特委书记。6月下旬，广东省委派黄学增来琼改组特委，黄学增任新的特委书记，王文明改任琼崖革命委员会主席。1929年2月特委被敌人破坏，陈大机等被捕牺牲。5月，广东省委指定官天民、冯世江、黄善藩、谢翰华、熊侠5人组成新的特委，官天民任书记，黄学增改任省委巡视员。7月，特委领导机关在海口再次被破坏，黄学增、官天民牺牲。8月中旬，在定安县内洞山召开各县代表联席会议，成立中共琼崖特委临时委员会（同年9月省委批准正式成立特委），由王文明、冯白驹等人为临时特委委员。11月，召开党团特委联席会议，选举特委领导核心，王文明为特委书记，王文明、冯白驹、傅佑山为特委常委。1930年1月17日，王文明在母瑞山病逝，特委书记由冯白驹继任。4月中旬，在母瑞山召开中共琼崖第四次代表大会，选举产生新的特委领导机构，冯白驹为特委书记，冯白驹、冯国卿、王志超为特委常委。会后，琼崖土地革命掀起第二次高潮。1932年8月，琼崖根据地和红军第二次反“围剿”失败，琼崖特委和琼苏机关撤上母瑞山，坚持艰苦斗争。1933年4月，在冯白驹率领下，特委、琼苏干部和红军共25人从母瑞山突围，回到琼文老区，进行恢复工作。1936年5月，特委在琼山县演丰乡召开特委第五次扩大会议，充实特委领导成员，冯白驹仍为特委书记，冯白驹、王白伦、黄魂为特委常委。1937年10月，冯白驹被国民常当局逮捕，常委王白伦代理特委书记。1938年8月，中共南方工委委派李明来琼担任特委书记。1940年1月，李明赴延安准备参加党的七大，特委书记由冯白驹代理。9月，根据中共中央指示，冯白驹复任特委书记，李明改任副书记。1941年2月，特委在琼山县树德乡召开特委第三次执委会议，选举产生特委新的领导核心，冯白驹当选为特委书记。1947年5月根据中共中央指示，中共琼崖特委升格为中共琼崖区委员会。